Футбольный клуб «КубГУ» основан в 2008 году. За годы своего существования, команда очень удачно выступает на всероссийских чемпионатах и является четырехкратным триумфатором финального этапа Первенства России по футболу среди команд высших учебных заведений – 2009, 2010, 2012 и 2014 годов, пятикратным победителем зонального этапа (ЮФО/СКФО) Первенства России по футболу среди команд высших учебных заведений – 2009, 2010, 2012, 2013 и 2014 годов.
ФК «КубГУ» является бессменным участником главных европейских студенческих турниров по футболу последних лет:
– VIII Чемпионат Европы по футболу среди команд высших учебных заведений 2010 года в г. Варшава (Польша) – 7 место;
– IX Чемпионат Европы по футболу среди команд высших учебных заведений 2011 года в г. Стамбул (Турция) – 3 место (бронзовые медали);
– Первые студенческие Европейские игры 2012 года в г. Кордоба (Испания) – 5 место;
– X Чемпионат Европы по футболу среди команд высших учебных заведений 2013 года в г. Альмерия (Испания) – 4 место
Кроме того, ФК "КубГУ" победитель Международного турнира по футболу на призы «КЭИ КНЭУ» им. В. Гетьмана в 2011 году в г.Симферополь (Украина) и победитель Международного турнира по футболу среди студенческих команд «Крымская осень», 2012 год, г. Симферополь (Украина).
Последний громкий успех команда одержала на II Европейских университетских играх 2014 года в г. Роттердам (Нидерланды), где заняла первое место, выиграв золотые медали.
Президентом Клуба является ректор Кубанского государственного университета Михаил Борисович Астапов, а Главный тренер – Сергей Сулейманович Горбачев.